ACD / ChemSketch
Freeware consente di disegnare strutture chimiche: composti  organici, organometallici, polimeri e strutture Markush. Include anche funzionalità come il calcolo delle proprietà molecolari (ad esempio, massa molecolare, densità, rifrattività molare ecc.), ottimizzazione e visualizzazione di strutture 2D e 3D, funzionalità per la denominazione di strutture (meno di 50 atomi e 3 anelli.
Download bisogna registrarsi.
https://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/
lingua: inglese

Biovia   draw (ex ISIS / Draw)

BIOVIA Draw consente di disegnare , modificare, visualizzare, archiviare molecole e reazioni chimiche , gestire entità biologiche e sequenze biologiche con facilità.
BIOVIA Draw offre molte funzionalità, tra cui un editor di sequenze biologiche che consente la definizione di residui e linker personalizzati, strumenti di struttura Markush e strumenti di legame tattile e idrogeno.
Download www.3ds.com/products/biovia/draw 
lingua: inglese

MolView è un’app per visualizzare formule e modelli strutturali. E’ composto da due parti principali, un editor di formule strutturali e un visualizzatore di modelli 3D. L’utente può disegnare un composto o scegliere da una selezione di composti da tre database.
MolView http://molview.org
lingua: inglese

Avogadro è un editor avanzato molecolare progettato per utilizzo cross-platform in chimica computazionale, modellistica molecolare, bioinformatica, scienza dei materiali, e in ambiti connessi. Offre rendering flessibile e un’architettura plug potente.
Download avogadro.cc(si apre in una nuova scheda)
lingua: inglese

ChemDraw JS

Questa versione gratuita on-line del SW ChemDraw JS della PerkinElmer permette di disegnare formule chimiche e molto altro.
Draw Chemistry
lingua: inglese

Programma di modellazione molecolare, grafica e progettazione di farmaci per sistemi operativi Windows. ll programma consente di misurare le distanze di legame, gli angoli di legame, il livello di torsione della catena di carbonio.
Obiettivi : Il software aiuta gli studenti a prendere confidenza con le molecole organiche, anche complesse come le molecole appartenenti alla biochimica.
Download arguslab.com
lingua: inglese

Programma di simulazione di laboratorio chimico. Da scaricare.
Gratuito https://model-chemlab.it.uptodown.com/
lingua: italiano

Il programma MOLGEN è dedicato alla generazione di tutte le strutture (isomeri) che corrispondono a una data formula molecolare, con ulteriori restrizioni opzionali, ad esempio presenza o assenza di particolari sottostrutture. Si può eseguire online o scaricarlo.
https://www.molgen.de/
lingua: inglese

SweetMollyGrace
Sezione del sito “Rodomontano” contenente una suite di programmi freeware e shareware creata per automatizzare il lavoro di rendering ed animazione di molecole.
http://rodomontano.altervista.org/SweetMG.php
lingua: italiano